Koska siirrännäinen on toisen ihmisen kudosta, munuaisensiirtoon liittyy hyljinnän riski. Hyljintä voi olla voimakas elimistön puolustusjärjestelmän hyökkäys siirrännäistä vastaan, niin kutsuttu akuutti rejektio, joka voi hoitamattomana nopeasti tuhota siirrännäisen, tai hitaampi prosessi, joka vuosien kuluessa huonontaa siirrännäisen toimintaa, niin kutsuttu krooninen rejektio.
Hyljintää pyritään estämään hyljinnänestolääkityksellä, johon liittyy melko runsaasti haittavaikutuksia etenkin siirron alkuvaiheessa lääkeannosten ollessa suurimmillaan. Haittavaikutuksia ovat lisääntynyt infektioriski, lisääntynyt syövän - etenkin ihosyövän - riski, osteoporoosi, ihon haurastuminen, lihominen, verenpainetauti, diabeteksen kehittyminen ja harmaakaihin kehittyminen silmiin.
Potilas tarvitsee pysyvää hyljinnänestolääkitystä, yleensä 2-3 eri lääkettä. Erittäin usein tarvitaan verenpainelääkitystä. Usein käytetään myös luustoa vahvistavaa lääkitystä.
Määräaikaiset kontrollit ovat tarpeen. Näissä tutkitaan erityisesti siirrännäisen toiminta ja selvitetään mahdolliset lääkityksiin liittyvät ongelmat. Uusia lääkkeitä aloitettaessa on tärkeää, että otetaan huomioon hyljinnänestolääkkeisiin liittyvät lääkkeitten yhteisvaikutusten riskit.
